ЭПИЗООТОЛОГИЯ, ГЕНЕТИКА И ЭВОЛЮЦИЯ ЦИРКОВИРУСА СВИНЕЙ ТИПА 2 В КИТАЕ
УДК: 619:616.98:578.8:636.4(510) DOI: 10.31588/2413_4201_1883_2_258_237
Ключевые слова:
цирковирус свиней типа 2, генотип, генетическое разнообразие, эволюция, Cap-белокАннотация
Генотипический подтип цирковируса свиней типа 2 (PCV2) продолжает эволюционировать, осложняя эпизоотическую ситуацию. Для выяснения характера дрейфа генотипов в эволюции штаммов PCV2 в Китае 2529 полностью кодированных генов ORF2 из базы данных NCBI, собранных в Китае с 2004 по 2023 гг., были классифицированы по году выделения. Результаты показали, что за последние 20 лет в Китае в эволюции PCV2 наблюдались два дрейфа генотипов, причем до 2004 года генотипы дрейфовали от PCV2a. В общей сложности 43 штамма были дополнительно исследованы за период 2018-2023 гг. из трех провинциях Северо-Восточного Китая — Ляонин, Хэйлунцзян и Цзилинь, которые прилегают к России. Среди них генотип PCV2a составил 18,6 %, генотип PCV2b - 27,9 %, а генотип PCV2d - 53,4 %. Это указывает на то, что генетическое разнообразие PCV2 увеличилось в Северо-Восточном Китае, а PCV2b и PCV2d стали основными генотипами, распространенными в этот период. Сравнение аминокислот гена ORF2, кодируемого последовательностью вирулентных штаммов, показало, что существует пять основных областей вариаций в белке Cap среди вирулентных штаммов. Эти остатки включали аминокислотные участки 51-91, 121-151, 183-191, 206-217 и 232-234.
Литература
Обзор по цирковирусной инфекции свиней / В. М. Попова, В. А. Богомолова, Е. В. Маркова, Е. Н. Фелоров, Л. С. Люлькова // Свиноводство. -- 2020. -- № 3. -- С. 8-10.
Орлянкин, Б. Г. Цирковирусные болезни свиней: распространение, диагностика и специфическая профилактика / Б. Г. Орлянкин // Ветеринария. -- 2013. -- № 8. -- С. 3-9.
Стаффорд, В. В. Цирковирусная инфекция свиней. Обзорные данные / В. В. Стаффорд, Я. Б. Стрельцова, М. А. Аноятбеков // Труды ВИЭВ. -- Т. 80. -- № 1. -- С. 324-330. - DOI: 10.30917/ATT-PRINT-2018-1.
Фу Юйцзе, Ф. Ю. Цирковирусная инфекция свиней / Ф. Ю. Фу Юйцзе, С. В. Теребова // Аграрный вестник Приморья. -- 2021. -- № 3(23). -- С. 44-49.
Цирковирусные инфекции возникают во всех свиноводческих хозяйствах: по материалам компании MSD Animal Health. - Текст электронный // Agrovesti.net [сайт]. -- 2016. -- URL: https://agrovesti.net/lib/tech/pig-breeding-tech/tsirkovirusnye-infektsii-voznikayut-vo-vsekh-svinovodcheskikh-khozyajstvakh.html
Differences in virulence among porcine circovirus type 2 isolates are unrelated to cluster type 2a or 2b and prior infection provides heterologous protection / T. Opriessnig, S. Ramamoorthy, D. M. Madson [et al.]. // J/ Gen Viro. -- 2008. -- V. 89. -- P. 2482-2491. -- doi: 10.1099/vir.0.2008/001081-0.
Differential recognition of the ORF2 region in a complete genome sequence of porcine circovirus type 2 (PCV2) isolated from boar bone marrow in Korea / C. H. Kweon, L. T. Nguyen, M. S. Yoo, S. W. Kang // Gene. -- 2015. -- V.569. -- P. 308-312. -- doi: 10.1016/j.gene.2015.04.055.
Genetic analysis of porcine circovirus type 2 in China / C. G. Jiang, G. Wang, Y. B. Tu [et al.]. // Arch Virol. -- 2017. -- V.162. -- P. 2715-2726. -- doi: 10.1007/s00705-017-3414-1.
Genetic characterisation of Porcine circovirus type 2 (PCV2) strains from feral pigs in the Brazilian Pantanal: an opportunity to reconstruct the history of PCV2 evolution / G. Franzo, M. Cortey, A. M. de Castro [et al.] // Vet Microbiol. -- 2015. -- V.178. -- P. 158-162. -- doi: 10.1016/j.vetmic.2015.05.003.
Genetic diversity of porcine circovirus type 2 (PCV2) in Thailand during 2009-2015 / N. Thangthamniyom, P. Sangthong, P. Poolperm [et al.] // Vet Microbiol. -- 2017. -- V. 208. -- P. 239-246. -- doi: 10.1016/j.vetmic.2017.08.006.
Genetic variation analysis of Chinese strains of porcine circovirus type 2 / F. Wang, X. Guo, X. Ge [et al.] // Virus Res. -- 2009. -- V.145. --P. 151-156. -- doi: 10.1016/j.virusres.2009.05.015.
Genotypic shift of porcine circovirus type 2 from PCV-2a to PCV-2b in Spain from 1985 to 2008 / M. Cortey, E. Pileri, M. Sibila [et al.] // Vet J. -- 2011. -- V. 187(3). -- P. 363-368. -- doi: 10.1016/j.tvjl.2009.12.023.
Larochelle, R. Genetic characterization and phylogenetic analysis of porcine circovirus type 2 (PCV2) strains from cases presenting various clinical conditions / R. Larochelle, R. Magar, S. D'Allaire // Virus Res. -- 2002. -- V. 90. -- P. 101-112. -- doi: 10.1016/s0168-1702(02)00141-7.
Olvera, A. Molecular evolution of porcine circovirus type 2 genomes: phylogeny and clonality / A. Olvera, M. Cortey, J. Segales // Virology. -- 2007. -- V.35. -- P. 175-185. -- doi: 10.1016/j.virol.2006.07.047.
PCV2d-2 is the predominant type of PCV2 DNA in pig samples collected in the U.S. during 2014-2016 / C. T. Xiao, K. M. Harmon, P. G. Halbur, T. Opriessnig. // Vet Microbiol. -- 2016. -- V.197. -- P. 72-77. -- doi: 10.1016/j.vetmic.2016.11.009.
Phylodynamic analysis of porcine circovirus type 2 reveals global waves of emerging genotypes and the circulation of recombinant forms / G. Franzo, M. Cortey, J. Segales [et al.] // Mol Phylogenet Evol. -- 2016. -- V.10. -- P. 269-280. -- doi: 10.1016/j.ympev.2016.04.028.
Pigs naturally exposed to porcine circovirus type 2 (PCV2) generate antibody responses capable to neutralise PCV2 isolates of different genotypes and geographic origins / S. Kurtz, L. Grau-Roma, M. Cortey [et al.] // Vet Res. -- 2014. -- V.45 (1). -- P. 29. -- doi: 10.1186/1297-9716-45-29.
The emergence of a new strain of porcine circovirus-2 in Ontario and Quebec swine and its association with severe porcine circovirus associated disease-2004-2006 / S. Carman, H. Y. Cai, J. DeLay [et al.] // Can J Vet Res. -- 2008. -- V. 72(3). -- P. 259-68.
The emergence of porcine circovirus 2b genotype (PCV-2b) in swine in Canada / C. A. Gagnon, D. Tremblay, P. Tijssen [et al.] // Can Vet J. -- 2007. -- V. 48(8). -- P. 811-819.
Trible, B. R. Genetic variation of porcine circovirus type 2 (PCV2) and its relevance to vaccination, pathogenesis and diagnosis / B. R. Trible, R. R. Rowland. // Virus Res. -- 2012. -- V. 164. -- P. 68-77. -- doi: 10.1016/j.virusres.2011.11.018.
Xiao, C. T. Global molecular genetic analysis of porcine circovirus type 2 (PCV2) sequences confirms the presence of four main PCV2 genotypes and reveals a rapid increase of PCV2d / C. T. Xiao P. G. Halbur, T. Opriessnig // J Gen Virol. -- 2015. -- V.96(Pt7). -- P.1830-41. -- doi: 10.1099/vir.0.000100. Epub 2015 Feb 23.
Review of porcine circovirus infection / V. M. Popova, V. A. Bogomolova, E. V. Markova, E. N. Felorov, L. S. Lyulkova // Pig breeding. -- 2020. -- No. 3. -- P. 8-10.
Orlyankin, B. G. Circovirus diseases of pigs: distribution, diagnosis and specific prevention / B. G. Orlyankin // Veterinary Medicine. -- 2013. -- No. 8. -- P. 3-9.
Stafford, V. V. Circovirus infection of pigs. Review data / V. V. Stafford, Ya. B. Streltsova, M. A. Anoyatbekov // Proceedings of VIEV. -- Vol. 80. -- No. 1. -- P. 324-330. - DOI: 10.30917/ATT-PRINT-2018-1.
Fu Yujie, F. Yu. Circovirus infection of pigs / F. Yu. Fu Yujie, S. V. Terebova // Agrarian Bulletin of Primorye. -- 2021. -- No. 3(23). -- P. 44-49.
Circovirus infections occur in all pig farms: based on materials from MSD Animal Health. - Text electronic // Agrovesti.net [website]. -- 2016. -- URL: https://agrovesti.net/lib/tech/pig-breeding-tech/tsirkovirusnye-infektsii-voznikayut-vo-vsekh-svinovodcheskikh-khozyajstvakh.html
Differences in virulence among porcine circovirus type 2 isolates are unrelated to cluster type 2a or 2b and prior infection provides heterologous protection / T. Opriessnig, S. Ramamoorthy, D. M. Madson [et al.]. // J/ Gen Viro. -- 2008. -- V. 89. -- P. 2482-2491. -- doi: 10.1099/vir.0.2008/001081-0.
Differential recognition of the ORF2 region in a complete genome sequence of porcine circovirus type 2 (PCV2) isolated from boar bone marrow in Korea / C. H. Kweon, L. T. Nguyen, M. S. Yoo, S. W. Kang // Gene. -- 2015. -- V.569. -- P. 308-312. -- doi: 10.1016/j.gene.2015.04.055.
Genetic analysis of porcine circovirus type 2 in China / C. G. Jiang, G. Wang, Y. B. Tu [et al.]. // Arch Virol. -- 2017. -- V.162. -- P. 2715-2726. -- doi: 10.1007/s00705-017-3414-1.
Genetic characterisation of Porcine circovirus type 2 (PCV2) strains from feral pigs in the Brazilian Pantanal: an opportunity to reconstruct the history of PCV2 evolution / G. Franzo, M. Cortey, A. M. de Castro [et al.] // Vet Microbiol. -- 2015. -- V.178. -- P. 158-162. -- doi: 10.1016/j.vetmic.2015.05.003.
Genetic diversity of porcine circovirus type 2 (PCV2) in Thailand during 2009-2015 / N. Thangthamniyom, P. Sangthong, P. Poolperm [et al.] // Vet Microbiol. -- 2017. -- V. 208. -- P. 239-246. -- doi: 10.1016/j.vetmic.2017.08.006.
Genetic variation analysis of Chinese strains of porcine circovirus type 2 / F. Wang, X. Guo, X. Ge [et al.] // Virus Res. -- 2009. -- V.145. --P. 151-156. -- doi: 10.1016/j.virusres.2009.05.015.
Genotypic shift of porcine circovirus type 2 from PCV-2a to PCV-2b in Spain from 1985 to 2008 / M. Cortey, E. Pileri, M. Sibila [et al.] // Vet J. -- 2011. -- V. 187(3). -- P. 363-368. -- doi: 10.1016/j.tvjl.2009.12.023.
Larochelle, R. Genetic characterization and phylogenetic analysis of porcine circovirus type 2 (PCV2) strains from cases presenting various clinical conditions / R. Larochelle, R. Magar, S. D'Allaire // Virus Res. -- 2002. -- V. 90. -- P. 101-112. -- doi: 10.1016/s0168-1702(02)00141-7.
Olvera, A. Molecular evolution of porcine circovirus type 2 genomes: phylogeny and clonality / A. Olvera, M. Cortey, J. Segales // Virology. -- 2007. -- V.35. -- P. 175-185. -- doi: 10.1016/j.virol.2006.07.047.
PCV2d-2 is the predominant type of PCV2 DNA in pig samples collected in the U.S. during 2014-2016 / C. T. Xiao, K. M. Harmon, P. G. Halbur, T. Opriessnig. // Vet Microbiol. -- 2016. -- V.197. -- P. 72-77. -- doi: 10.1016/j.vetmic.2016.11.009.
Phylodynamic analysis of porcine circovirus type 2 reveals global waves of emerging genotypes and the circulation of recombinant forms / G. Franzo, M. Cortey, J. Segales [et al.] // Mol Phylogenet Evol. -- 2016. -- V.10. -- P. 269-280. -- doi: 10.1016/j.ympev.2016.04.028.
Pigs naturally exposed to porcine circovirus type 2 (PCV2) generate antibody responses capable to neutralise PCV2 isolates of different genotypes and geographic origins / S. Kurtz, L. Grau-Roma, M. Cortey [et al.] // Vet Res. -- 2014. -- V.45 (1). -- P. 29. -- doi: 10.1186/1297-9716-45-29.
The emergence of a new strain of porcine circovirus-2 in Ontario and Quebec swine and its association with severe porcine circovirus associated disease-2004-2006 / S. Carman, H. Y. Cai, J. DeLay [et al.] // Can J Vet Res. -- 2008. -- V. 72(3). -- P. 259-68.
The emergence of porcine circovirus 2b genotype (PCV-2b) in swine in Canada / C. A. Gagnon, D. Tremblay, P. Tijssen [et al.] // Can Vet J. -- 2007. -- V. 48(8). -- P. 811-819.
Trible, B. R. Genetic variation of porcine circovirus type 2 (PCV2) and its relevance to vaccination, pathogenesis and diagnosis / B. R. Trible, R. R. Rowland. // Virus Res. -- 2012. -- V. 164. -- P. 68-77. -- doi: 10.1016/j.virusres.2011.11.018.
Xiao, C. T. Global molecular genetic analysis of porcine circovirus type 2 (PCV2) sequences confirms the presence of four main PCV2 genotypes and reveals a rapid increase of PCV2d / C. T. Xiao P. G. Halbur, T. Opriessnig // J Gen Virol. -- 2015. -- V.96(Pt7). -- P.1830-41. -- doi: 10.1099/vir.0.000100. Epub 2015 Feb 23.
