ПОДБОР ПРАЙМЕРОВ И ЗОНДА ДЛЯ АМПЛИФИКАЦИИ УЧАСТКА ГЕНА В646L ВИРУСА АЧС
УДК: 619:616.98:578.842.1:616-078 DOI: 10.31588/2413_4201_1883_2_255_350
Ключевые слова:
вирус африканской чумы свиней, олигонуклеотидные праймеры, ПЦРАннотация
Африканская чума свиней (АЧС) – заразное вирусное заболевание свиней,
характеризующееся лихорадкой, гиперемией кожи, множественными кровоизлияниями во
внутренние органы, атаксией, тяжелой депрессией и высокой смертностью в острых случаях.
Совершенствование методов диагностики вируса АЧС является одним из важнейших этапов
в борьбе и профилактике этого заболевания. Наряду с рутинными методами диагностики,
такими как выделение, РГАД, РИФ, разработанная в последние годы ПЦР в реальном времени,
широко используется для диагностики в лабораториях различного уровня, благодаря ее
эффективности, высокой чувствительности и специфичности. В связи с тем, что новые
вирусные изоляты демонстрируют новые генетические модели, необходим редизайн
праймеров, чтобы иметь возможность обнаруживать распространенные, в настоящее время,
генотипы вируса АЧС. Разработаны праймеры и зонд для гена В646L вируса АЧС,
кодирующего р72 мажорный белок капсида. Праймеры оптимизированы на основе
термодинамических параметров и вторичной структуры для высокой эффективности
амплификации. Результаты проверки специфичности разработанных праймеров в базе данных
GenBank показали, что сконструированные олигонуклеотиды в подавляющем большинстве
случаев были комплементарны гену В646L вируса АЧС.
Литература
Бадамшин, А. Д. Оптимизация условий получения плазмидной ДНК E. coli с фрагментами генов, кодирующих иммунодоминантные белки вируса АЧС / А. Д. Бадамшин, Е. Ю. Закирова, А. Г. Галеева, М. А. Ефимова, Д. Н. Мингалеев, А. А. Ризванов, Р. Х. Равилов // Ученые записки Казанской государственной академии ветеринарной медицины им. Н.Э. Баумана. -- 2022. -- Т. 249. -- № 1. -- С. 23-28.
Ефимова, М. А. Анализ иммунодоминантных пептидов вируса африканской чумы свиней для конструирования кандидатных вакцин / М. А. Ефимова, А. Г. Галеева, А. И. Хамидуллина, Р. Х. Равилов // Аграрная наука. -- 2023. -- № 3. -- С. 40-45.
Колбасов, Д. В. Африканская чума свиней: создание вакцины актуально / Д. В. Колбасов // Животноводство России. -- 2020. -- № 7. -- С. 29-33.
Нефедьева, М. В. Анализ иммуномодулирующих белков вируса африканской чумы свиней / М. В. Нефедьева, И. А. Титов, К. А. Мима, А. С. Малоголовкин // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. -- 2019. -- № 1. -- С. 42-48.
Хисамутдинов, А. Г. Эпизоотическая ситуация по туберкулезу крупного рогатого скота в Республике Татарстан / А. Г. Хисамутдинов, Д. Н. Мингалеев, Р. Х. Равилов [и др.] // Ученые записки Казанской государственной академии ветеринарной медицины им. Н.Э. Баумана. -- 2018. -- Т. 234. -- № 2. -- С. 211-217.
Flannery, J. Identification of novel testing matrices for African swine fever surveillance / J. Flannery, M. Ashby, R. Moore, S. Wells, P. Rajko-Nenow, C. L. Netherton [et al.] // J. Vet. Diagn.Invest. -- 2020. -- V. 32(6). -- P. 961-963.
Hwang, H. J. Development and validation of a fast quantitative real-time PCR assay for the detection of African swine fever virus / H. J. Hwang, Y.S. Choi, K. Song, M. Frant, J.H. Kim // Front. Vet. Sci. -- 2023. -- V. 4. --P. 9:1037728.
Luo, Y. Development of an updated PCR assay for detection of African swine fever virus / Y. Luo, S. A. Atim, L. Shao, C. Ayebazibwe, Y. Sun, Y. Liu [et al.] // Arch Virol. -- 2017. -- V. 162(1). -- P. 191-199.
Ravilov, R. K. Viral vector vaccines against ASF: problems and prospects / R. K. Ravilov, A. A. Rizvanov, D. N. Mingaleev, E. Y. Zakirova [et al.] // Frontiers in Veterinary Science. -- 2022. -- Т. 9. -- P. 830244.
Yin, D. Development of Real-Time PCR Based on A137R Gene for the Detection of African Swine Fever Virus. / D. Yin, R. Geng, H. Lv, C. Bao, H. Shao, J. Ye, K. Qian and A. Qin // Front. Vet. Sci. -- 2021. -- V. 8. -- P. 753967.
Badamshin, A. D. Optimization of conditions for obtaining plasmid DNA of E. coli with fragments of genes encoding immunodominant proteins of the ASF virus / A. D. Badamshin, E. Yu. Zakirova, A. G. Galeeva, M. A. Efimova, D. N. Mingaleev, A. A. Rizvanov, R. Kh. Ravilov // Scientific notes of the Kazan State Academy of Veterinary Medicine named after N.E. Bauman. -- 2022. -- Vol. 249. -- No. 1. -- P. 23-28.
Efimova, M. A. Analysis of immunodominant peptides of the African swine fever virus for the construction of candidate vaccines / M. A. Efimova, A. G. Galeeva, A. I. Khamidullina, R. Kh. Ravilov // Agrarian science. -- 2023. -- No. 3. -- P. 40-45.
Kolbasov, D. V. African swine fever: vaccine development is relevant / D. V. Kolbasov // Animal husbandry of Russia. -- 2020. -- No. 7. -- P. 29-33.
Nefedieva, M. V. Analysis of immunomodulatory proteins of the African swine fever virus / M. V. Nefedieva, I. A. Titov, K. A. Mima, A. S. Malogolovkin // Molecular genetics, microbiology and virology. -- 2019. -- No. 1. -- P. 42-48.
Khisamutdinov, A. G. Epizootic situation of tuberculosis in cattle in the Republic of Tatarstan / A. G. Khisamutdinov, D. N. Mingaleev, R. Kh. Ravilov [et al.] // Scientific notes of the Kazan State Academy of Veterinary Medicine named after N.E. Bauman. -- 2018. -- Vol. 234. -- No. 2. -- P. 211-217.
Flannery, J. Identification of novel testing matrices for African swine fever surveillance / J. Flannery, M. Ashby, R. Moore, S. Wells, P. Rajko-Nenow, C. L. Netherton [et al.] // J. Vet. Diagn.Invest. -- 2020. -- V. 32(6). -- P. 961-963.
Hwang, H. J. Development and validation of a fast quantitative real-time PCR assay for the detection of African swine fever virus / H. J. Hwang, Y.S. Choi, K. Song, M. Frant, J.H. Kim // Front. Vet. Sci. -- 2023. -- V. 4. --P. 9:1037728.
Luo, Y. Development of an updated PCR assay for detection of African swine fever virus / Y. Luo, S. A. Atim, L. Shao, C. Ayebazibwe, Y. Sun, Y. Liu [et al.] // Arch Virol. -- 2017. -- V. 162(1). -- P. 191-199.
Ravilov, R. K. Viral vector vaccines against ASF: problems and prospects / R. K. Ravilov, A. A. Rizvanov, D. N. Mingaleev, E. Y. Zakirova [et al.] // Frontiers in Veterinary Science. -- 2022. -- Vol. 9. -- P. 830244.
Yin, D. Development of Real-Time PCR Based on A137R Gene for the Detection of African Swine Fever Virus. / D. Yin, R. Geng, H. Lv, C. Bao, H. Shao, J. Ye, K. Qian and A. Qin // Front. Vet. Sci. -- 2021. -- V. 8. -- P. 753967.
