АНАЛИЗ КИШЕЧНОЙ МИКРОБИОТЫ АФРИКАНСКОГО СОМА (CLARIAS GARIEPINUS)
УДК: 639.371.7:591.1 DOI: 10.31588/2413_4201_1883_4_256_249
Ключевые слова:
африканский сом, аквакультура, кишечная микробиота, филотипыАннотация
Целью данной работы явился анализ состава микробного сообщества желудочно-кишечного тракта молоди и взрослых рыб вида Clarias gariepinus с помощью технологии секвенирования на Illumina MiSeq. Результаты анализа показали, что в кишечнике всеядных сомов преобладающими типами являются Proteobacteria, Firmicutes, Actinobacteria и Fusobacteria. Доля неидентифицированных сиквенсов составила в первой группе 9,1±3,53, во второй 67,7±8,69 %. Доля типа Bacteroidetes в обеих группах была представлена в достаточно небольшом количестве (менее 2 %). Четыре минорные филы были представлены как у мелких, так и у крупных сомов (Cyanobacteria, Verrucomicrobia, Spirochaetes и Thermi). Представители же ещё семи бактериальных типов встречались у единичных особей (Planctomycetes, Chlorobi, Synergistetes и Gemmatimonadetes — у представителей первой группы; Thermotogae, Nitrospirae и Tenericutes — только у второй).
Литература
Белькова, Н. Л. Исследование микробиома кишечника малой голомянки Comephorus dybowski Korotneff, 1904 / Н. Л. Белькова, Н. Н. Деникина, Е. В. Дзюба // Известия Российской академии наук. Серия биологическая. -- 2015. -- № 5. -- С. 544-551.
Зуенко, В. А. Влияние кормового пробиотика на основе бактерий Bacillus subtilis на пищеварение рыб при садковом выращивании / В. А. Зуенко, К. С. Лактионов, И. В. Правдин, Л. З. Кравцова, Н. А. Ушакова // Вопросы ихтиологии. -- 2017. -- Т. 57. -- № 1. -- С. 112-117.
Дзюба, Е. В. Исследование кишечных микробиомов голомянок (Cottoidei, Comephoridae) озера Байкал / Е. В. Дзюба, Н. Л. Белькова, Н. Н. Деникина // Известия Российской академии наук. Серия биологическая. -- 2016. -- № 6. -- С. 658-662.
Зуенко, В. А. Повышение продуктивности рыбоводческих хозяйств за счет использования биологически активных кормовых добавок (на примере использования пробиотика на основе бактерий Bacillus subtilis при выращивании карпа и стерляди в садковых хозяйствах Орловской области) / В. А. Зуенко // Достижения вузовской науки 2018: сборник статей II Международного научно-исследовательского конкурса: в 2 ч., Пенза, 05 мая 2018 года. Том Часть 1. -- Пенза: «Наука и Просвещение» (ИП Гуляев Г.Ю.). --2018. -- С. 28-35.
Скворцова, Е. Г. Исследование микробиомов кишечника стерляди Acipenser ruthenus, выращенной в условиях аквакультуры / Е. Г. Скворцова, О. В. Филинская, Д. В. Микряков // Сборник тезисов Всероссийской школы-конференции «Сохранение и преумножение генетических ресурсов микроорганизмов». -- Москва: Издательство Перо, 2023. -- С. 54.
Сергалиев, Н. Х. Структура микробиома в установках замкнутого водоснабжения и их связь с возникновением инфекционной патологии осетровых рыб / Н. Х. Сергалиев, М. Г. Какишев, И. Н. Залялов, Н. С. Гинаятов, Ф. Х. Нуржанова // Ученые записки Казанской государственной академии ветеринарной медицины им. Н.Э. Баумана. -- 2020. -- Т. 243. -- № 3. -- С. 237-244.
Razak, S. A. Ecological and Ontogenetic Components of Larval Lake Sturgeon Gut Microbiota Assembly, Successional Dynamics, and Ecological Evaluation of Neutral Community Processes / S. A. Razak, K. T. Scribner // Applied and Environmental Microbiology. -- 2020. -- № 86 (10). -- P. 1-17. doi: 10.1128/AEM.02662-19.
Bacanu, G. M. Differences in the gut microbiota between wild and domestic Acipenser ruthenus evaluated by denaturing gradient gel electrophoresis / G. M. Bacanu, L. Oprea // Rom Biotechnol Lett. -- 2013. -- V. 18. -- № 2. -- P. 8069--8076. doi: 10.7717/peerj.12992.
Betiku, O. C. Water system is a controlling variable modulating bacterial diversity of gastrointestinal tract and performance in rainbow trout / O. C. Betiku, C. J. Yeoman, T. G. Gaylord, B. Americus, S. Olivo, G. C. Duff, W. M. Sealey // PLoS ONE. -- 2018. -- № 13(4). -- P. 1-20. doi.org/10.1371/journal.pone.0195967.
Ikeda-Ohtsubo, W. How Can We Define «Optimal Microbiota?»: A Comparative Review of Structure and Functions of Microbiota of Animals, Fish, and Plants in Agriculture / W. Ikeda-Ohtsubo, S. Brugman, C. H. Warden, J. M. J. Rebel, G. Folkerts, C. M. J. Pieterse // Front Nutr. -- 2018. -- № 5:90. -- P. 1--18. doi: 10.3389/fnut.2018.00090.
Ou, W. Recent progress in the understanding of the gut microbiota of marine fishes / W. Ou, G. Yu, Y. Zhang, K. Mai // Mar Life Sci Technol. -- 2021. -- № 3(4). -- P. 434-448. doi: 10.1007/s42995-021-00094-y.
Sullam, K. E. Environmental and ecological factors that shape the gut bacterial communities of fish: a meta-analysis / K. E. Sullam, S. D. Essinger, C. A. Lozupone, M. P. O'Connor, G. L. Rosen, R. Knight, S. S. Kilham, J. A. Russell // MolEcol. -- 2012. -- № 21(13). -- P. 3363-3378. doi: 10.1111/j.1365-294X.2012.05552.x.
Yajima, D. Core species and interactions prominent in fish-associated microbiome dynamics / D. Yajima, H. Fujita, I. Hayashi, G. Shima, K. Suzuki, H. Toju // Microbiome. 2023. -- №11(53). -- P. 1-15. doi: 10.1186/s40168-023-01498-x.
Belkova, N. L. Study of the intestinal microbiome of the small golomyanka Comephorus dybowski Korotneff, 1904 / N. L. Belkova, N. N. Denikina, E. V. Dzyuba // Bulletin of the Russian Academy of Sciences. Biological series. -- 2015. -- No. 5. -- P. 544-551.
Zuenko, V. A. The influence of feed probiotic based on Bacillus subtilis bacteria on fish digestion during cage rearing / V. A. Zuenko, K. S. Laktionov, I. V. Pravdin, L. Z. Kravtsova, N. A. Ushakova // Questions of Ichthyology. -- 2017. -- Vol. 57. -- No. 1. -- P. 112-117.
Dzyuba, E. V. Study of intestinal microbiomes of golomyankas (Cottoidei, Comephoridae) of Lake Baikal / E. V. Dzyuba, N. L. Belkova, N. N. Denikina // Bulletin of the Russian Academy of Sciences. Biological series. -- 2016. -- No. 6. -- P. 658-662.
Zuenko, V. A. Increasing the productivity of fish farms through the use of biologically active feed additives (on the example of using a probiotic based on Bacillus subtilis bacteria in the cultivation of carp and sterlet in cage farms of the Oryol region) / V. A. Zuenko // Achievements of university science 2018: collection of articles of the II International Research Competition: in 2 parts, Penza, May 05, 2018. Volume Part 1. -- Penza: "Science and Education" (IP Gulyaev G.Yu.). --2018. -- P. 28-35.
Skvortsova, E. G. Study of intestinal microbiomes of sterlet Acipenser ruthenus reared in aquaculture / E. G. Skvortsova, O. V. Filinskaya, D. V. Mikryakov // Collection of abstracts of the All-Russian School-Conference "Conservation and Enhancement of Genetic Resources of Microorganisms". -- Moscow: Pero Publishing House, 2023. -- P. 54.
Sergaliev, N. Kh. Microbiome structure in recirculating aquaculture systems and their relationship with the occurrence of infectious pathology in sturgeon fish / N. Kh. Sergaliev, M. G. Kakishev, I. N. Zalyalov, N. S. Ginayatov, F. Kh. Nurzhanova // Scientific Notes of the Kazan State Academy of Veterinary Medicine named after N.E. Bauman. -- 2020. -- Vol. 243. -- No. 3. -- P. 237-244.
Razak, S. A. Ecological and Ontogenetic Components of Larval Lake Sturgeon Gut Microbiota Assembly, Successional Dynamics, and Ecological Evaluation of Neutral Community Processes / S. A. Razak, K. T. Scribner // Applied and Environmental Microbiology. -- 2020. -- No. 86 (10). -- P. 1-17. doi: 10.1128/AEM.02662-19.
Bacanu, G. M. Differences in the gut microbiota between wild and domestic Acipenser ruthenus evaluated by denaturing gradient gel electrophoresis / G. M. Bacanu, L. Oprea // Rom Biotechnol Lett. -- 2013. -- V. 18. -- No. 2. -- P. 8069-8076. doi: 10.7717/peerj.12992.
Betiku, O. C. Water system is a controlling variable modulating bacterial diversity of gastrointestinal tract and performance in rainbow trout / O. C. Betiku, C. J. Yeoman, T. G. Gaylord, B. Americus, S. Olivo, G. C. Duff, W. M. Sealey // PLoS ONE. -- 2018. -- No. 13(4). -- P. 1-20. doi.org/10.1371/journal.pone.0195967.
Ikeda-Ohtsubo, W. How Can We Define «Optimal Microbiota?»: A Comparative Review of Structure and Functions of Microbiota of Animals, Fish, and Plants in Agriculture / W. Ikeda-Ohtsubo, S. Brugman, C. H. Warden, J. M. J. Rebel, G. Folkerts, C. M. J. Pieterse // Front Nutr. -- 2018. -- No. 5:90. -- P. 1-18. doi: 10.3389/fnut.2018.00090.
Ou, W. Recent progress in the understanding of the gut microbiota of marine fishes / W. Ou, G. Yu, Y. Zhang, K. Mai // Mar Life Sci Technol. -- 2021. -- No. 3(4). -- P. 434-448. doi: 10.1007/s42995-021-00094-y.
Sullam, K. E. Environmental and ecological factors that shape the gut bacterial communities of fish: a meta-analysis / K. E. Sullam, S. D. Essinger, C. A. Lozupone, M. P. O'Connor, G. L. Rosen, R. Knight, S. S. Kilham, J. A. Russell // MolEcol. -- 2012. -- No. 21(13). -- P. 3363-3378. doi: 10.1111/j.1365-294X.2012.05552.x.
Yajima, D. Core species and interactions prominent in fish-associated microbiome dynamics / D. Yajima, H. Fujita, I. Hayashi, G. Shima, K. Suzuki, H. Toju // Microbiome. 2023. -- No. 11(53). -- P. 1-15. doi: 10.1186/s40168-023-01498-x.
